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5月11日下午，青海省委副书记、青海省省长、青海省抗震救灾指挥部总指挥骆惠宁在玉树省抗震救灾指挥部宣布青海省玉树地震灾后重建现场指挥部成立，标志着玉树抗震救灾正式进入灾后重建阶段。为全力保障玉树地震灾后重建规划的组织实施和各项工作有力、有序、有效开展，经青海省委、省政府研究决定，成立青海省玉树地震灾后重建现场指挥部，由副省长马顺清任指挥长，副省长张建民任第一副指挥长，省军区参谋长党国际、玉树州委书记贾应忠、玉树州州长王玉虎任副指挥长。
灾后重建现场指挥部在青海省委、省政府领导下，主要承担玉树灾后重建规划实施的组织协调、督促检查和现场指挥职责。玉树州委、州政府主要承担灾后重建项目业主职责，具体承担和落实灾后重建的主要任务。
灾后重建现场指挥部下设清墟工作协调组、过渡安置工作协调组、规划实施协调组、资金管理组、建材供应保障协调组、运输保障协调组、土地利用协调组、城乡住房建设协调组、公共服务设施建设协调组、基础设施建设协调组、农牧业旅游业等产业恢复发展协调组、市场服务体系建设协调组、防灾减灾和生态修复协调组、监察审计组、综合组等15个工作组。